当山は多宝富士大日蓮華山大石寺（たほうふじだいにちれんかざんたいせきじ）と称し、正応三（1290）年十月十二日、宗祖日蓮大聖人の法嫡第二祖日興上人によって開創された。寺号の大石寺は、地名の大石寺ヶ原に由来する。また、開基檀那は当富士上野郷の地頭・南条七郎次郎平時光である。

日蓮正宗総本山 大石寺俯瞰図

奉安堂

末法の御本仏日蓮大聖人は、一切衆生の成仏得道のために、弘安２年（1279）１０月１２日、出世の本懐である本門戒壇の大御本尊を御図顕あそばされました。平成１４年１０月、宗旨建立７５０年を慶祝して建立された奉安堂は本門戒壇の大御本尊を厳護申し上げる堂宇であり、日蓮正宗の僧俗にとって信仰の根本道場です。
この奉安堂は、国内・海外の本宗僧侶ならびに檀信徒から寄せられた浄財により、２年４ヵ月の工期をもって建立されました。建物外観は、伝統的な日本の寺院建築様式で寄棟造り二層屋根になっています。
地上一階、地下一階の鉄骨造り、間口７５メートル、奥行１１６メートル、高さ５５メートルの規模を誇り、これは、日本の伝統的寺院としては類を見ない最大級の規模です。また堂内は、間口５５メートル、奥行８４メートルあり、信徒席には５千名分の椅子席を設けており、また、大御本尊御安置の須弥壇は、全体が特殊合金でできた金庫室になっており、耐震・耐火・防犯の面でも、極めて高い安全性が確保されています。
まさに奉安堂こそ、ここに集う日蓮正宗僧俗が、常に広宣流布と自らの罪障消滅、さらには日々の精進を誓う、崇高なる場所なのです。

三門

総門を入って約４百メートル上った所に立つ大楼門です。開口24メートル、奥行11メートル、高さ22メートル、本造朱塗りで壮厳美麗をきわめ、その規模の雄大さにおいては東海随一とされます。
第二十五世日宥上人の発願によるもので、正徳二年（1712）、徳川幕府六代将軍・家宣公が富士山の巨木70本、同御台所・天英院が、黄金1200枚を寄進し、六年の歳月をかけて享保二年（1717）に完成しました。その後、数回の改修が施されています。昭和四十一年（1966）、県の有形文化財に指定されました。平成31年4月1日現在、大改修中です。

六壷

客殿西側に建つ六壷（むつぼ）は、二祖日興上人の創建で、大石寺発祥の堂宇です。初め六室に分かれていたところから、この名があると伝えられ、大坊に在勤する僧侶の朝夕の勤行の道場ともなっています。現在の建物は、昭和六十三年十月、大石寺開創七百年記念事業として、六十七世日顕上人により再建新築されました。
十間（約十八メートル）四面、木造平屋建て、総けやき造りで、屋根は寄せ棟造り本瓦葺き、外壁は土壁塗り漆喰仕上げとなっており、耐震性にも優れた日本古来の伝統的木造建築です。また、百七十畳を持つ純木造物でありながら、内部には柱が四本しかありません。これは、ここに集う僧俗すべてが共にご本尊を拝することができるよう配慮されたものです。なお、六壷は建築技術協会の特別賞を受賞しています。

客殿

客殿は、日蓮大聖人の法脈を受け継がれた歴代の法主上人が、毎朝、弘宣流布祈願のために丑寅勤行を修されるなど、多くの法要が執り行われる重要な堂宇です。寛正六年（1465）、九世日有上人によって創建されました。その後、たびたび再建され、平成十年三月、六十七世日顕上人により新築されました。基本構造は、耐震性に優れた堅牢な鉄骨造りで、外装や堂内の仕上げはすべ天然木を使用し、ぬくもりのある伝統的和風建築となっています。開口・奥行とも約五十メートル、高さ三十六メートルの二階建で、広間は、千百十二畳敷きの大空間です。

御影堂

参道を北に進んでいくと、朱に塗られた御影堂に達します。「御堂（みどう）」とも通称されているこの建物には、喜慶二年（1388）、六世日時上人の時、越前法橋快恵により造立された日蓮大聖人等身の御影が安置されています。御堂は二祖日興上人によって創建され、現在の建物は寛永九年（1632）、十七世日精上人の代に、阿波徳島の藩主・蜂須賀至鎮公夫人の敬台院の寄進によって再建造営されたものです。間口二十五メートル、奥行・高さ二十三メートルで、昭和四十一年には県の有形文化財に指定されています。
平成二十五年十一月、立正安国論正義顕揚七百五十年の記念事業として、六十八世日如上人により、約七年の工期を経て、全解体大改修工事が完成しました。

五重塔

潤川を隔てた高台の木立に囲まれ、西方に面して立ち東海道沿線随一といわれている。二十六世日寛上人が、徳川幕府六代将軍家宣公の御台所・天英院と共に起塔の志を立てて基金を遺し置かれた。その後五代にわたる法主上人が素志を継ぎ、三十一世日因上人が諸国を勧化して得た浄財と備中松山藩主・板倉勝澄公の寄進によって、寛延二年（1745）に完成した。昭和四十二年、国の重要文化財に指定された。規模は三間半（6.4メートル）四面で、高さ三十四．三メートル。